碳是藻类十分重要的营养元素，相当于藻类的骨架。在养殖过程中因为缺碳而藻类生长不起来很常见，如前期肥水，施了很多肥，氨氮很高了水还是清澈见底；养殖中后期，越是晴天越容易“倒藻”，泡沫多、藻类老化、氨氮或亚硝酸盐高（图1、图2），这些现象多与水体碳源不足有关。
图1 土池塘“倒藻”
图2 高位池“倒藻”产生大量泡沫
养殖水体中的碳源是否充足与总碱度中的碳酸根和碳酸氢根离子密切相关。如果养殖过程中只是简单的测量总碱度，而不分析其离子和分子组成（总碱度是指能结合氢离子的离子和分子的总和），即使总碱度很高同样也可能出现缺碳“倒藻”。例如海水的高位池养殖，天然海水一般总碱度较高，但中后期同样出现藻类老化；每天换水，亚硝酸盐高。这里也涉及到总硬度和排污带走了碳源的原因。
藻类光合作用时需要二氧化碳参与，二氧化碳由水体中的碳酸氢根离子与氢离子反应生成。一部分碳酸氢根离子变成碳酸根离子与钙离子结合为碳酸钙沉淀，所以pH值升高、水体出现白浊，在高位池养殖排污时会带走碳酸钙。
土塘不排污会沉底，水呼吸产生的二氧化碳与氢离子反应形成碳酸，再与碳酸钙反应生成碳酸氢钙，所以pH值下降，白浊消失。由于藻类光合作用不断消耗水体中的碳酸氢根离子（碳源越来越少），如果不补充碳源，藻类因为缺乏碳源很容易老化。
养殖动物的排泄和残饵释放氨氮也不断增加，由于碳源不足，藻类不能吸收利用，氨氮升高，最终亚硝酸盐升高。
水体不稳定，水中缺碳是关键原因。缺乏碳源，微生物（有益菌）缺乏能量，不能有效分解水体中的有机质，水体越来越脏。但是养殖户和一部分技术人员对碳源的认识不足，一味地往水中追肥（化肥和氨基酸肥）、用菌。没有解决碳氮比，往往适得其反，反而氨氮高、亚硝酸盐高、有机污染加大和加重缺氧，藻类老化严重，“倒藻”发生。
养殖过程中出现的不良藻类，如蓝藻和鞭毛藻类，也与水体缺碳有关，蓝藻大多浮在水体表层，与空气接触的机会多，能利用空气中的二氧化碳；而鞭毛藻类大多能利用水体中的有机颗粒。当水体中碳源缺乏时，其它藻类如绿藻和硅藻因缺碳而不能生长，蓝藻和鞭毛藻类就形成优势种群。（见图3~图6）
建议补充水体中的碳源，提高碳氮比，激活菌的活性，有效稳定水体，优化藻相。
图3 蓝藻水华
图4 蓝藻水华
图5 鞭毛藻类水华，水发红
图6 鞭毛藻类水华，水发黑